一、 蛋白质结构编码了荧光。这些荧光蛋白包括绿色荧光蛋白(GFP)、YFP、RFP和各种衍生物。

1.荧光蛋白始祖——绿色荧光蛋白

绿色荧光蛋白(green fluorescent protein，GFP)，基于GFP晶体结构，通过定点或随机突变手段以期找到功能更强的GFP突变体。应用范围最广的当属增强型GFP(EGFP)）和Emerald(祖母绿)，不稳在•定增强型绿色荧光蛋白(dEGFP)，增强型黄色荧光蛋白(EYFP)，增强型蓝色荧光蛋白（EBFP)，增强型蓝绿色（青色）荧光蛋白(ECFP)等各种衍生型GFP，发出的荧光颜色各不相同。

2.红色荧光蛋白

GFP虽然用途广泛，但由于其发射光谱仅局限于440-529 nm,细胞内成像时背景较高,无法对活体生物皮下进行更深的荧光标记。与GFP相比，其激发和发射波长更长，在细胞内成像时背景低，并且红色荧光蛋白能够与GFP共同标记。

早用于研究的红色荧光蛋白是DsRed(发射峰在583nm)，来源于珊瑚，荧光强、稳定性好。DsRed易形成寡聚体，且成熟速度慢，DsRed的突变体有mBanana、mOrange、dTomato、mTangerine、mStrawberry和mCherry，其中mStrawberry和mCherry，发射峰分别为596nm和610nm，亮度分别为EGFP的75%和50%左右。

3.常用荧光蛋白的物理属性

二、 衍生自在藻类和植物中发现的藻胆蛋白

这些蛋白质使用藻胆蛋白辅因子来吸收光能，包括藻红蛋白(PE)、别藻蓝蛋白(APC)和紫草素叶绿素(PerCP)。

特点:

具有较大的斯托克斯位移(75-200 nm)，并且具有稳定的发射光谱。

由于藻胆蛋白较大，因此它们在结合过程中通常具有1∶1的蛋白质与荧光染料比率，因此对于定量流式细胞术非常有用。易受光致漂白，不建议长时间或反复暴露于激发光源中。