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蛋白质结构编码了荧光。这些荧光蛋白包括绿色荧光蛋白(GFP)、YFP、RFP和各种衍生物。
由于天然提取的别藻蓝蛋白在稀释溶液（低浓度）或暴露于促溶盐环境中会水解，因此，通常对APC进行交联处理，从而使其在生物反应体系内保持稳定。
链霉亲和素标记藻红蛋白可与Biotin标记的各种亲和纯化二抗或者Biotin标记的色谱级蛋白联用进行各种免疫检测。与亲和素相比，由于更容易穿透组织并且分子结构更小，链霉亲和素更稳定、更灵敏，并且背景更低。
藻红蛋白是从红藻中分离纯化的，能发出强烈的荧光，具有很好的吸光性能和很高的量子产率， 在可见光谱区有很宽的激发及发射范围。
别藻蓝蛋白（APC）是从螺旋藻中分离的藻胆蛋白。与其他藻胆蛋白一样，别藻蓝蛋白是具有极高的吸收率和高量子效率的荧光物质。它是一种蛋白质，通过常规蛋白质交联技术可以很容易地与抗体和其他蛋白质连接，而不会改变其光谱特征。